Logiciel de facturation auto-entrepreneur : bien choisir et faire une facture conforme
Une facture d'auto-entrepreneur obéit à des règles précises : mentions obligatoires, numérotation continue, franchise en base de TVA, conservation pendant dix ans — et, depuis la réforme de la facturation électronique, obligation de recevoir puis d'émettre des factures au format structuré. Ce guide explique comment établir une facture conforme, ce que doit vraiment savoir faire un logiciel de facturation, et comment éviter les erreurs qui coûtent cher lors d'un contrôle ou d'un impayé.
Facture auto-entrepreneur : les mentions obligatoires en 2026
Une facture incomplète n'est pas un détail de forme : elle peut être refusée par le client, retarder le paiement et, en cas de contrôle, faire l'objet d'une amende par mention manquante. Le socle est le même pour tous les indépendants, avec quelques spécificités propres au régime de la micro-entreprise.
- Identité complète : Nom et prénom (ou nom commercial suivi du nom), adresse de l'établissement, numéro SIREN ou SIRET, et mention « EI » ou « Entrepreneur individuel » accolée au nom.
- Identité du client : Nom ou raison sociale et adresse de facturation. Pour un client professionnel, son numéro de TVA intracommunautaire dès qu'il y en a un.
- Numéro de facture : Unique, chronologique et sans trou dans la séquence. Une série par année ou par type de document est admise, à condition d'être appliquée sans exception.
- Dates : Date d'émission et date de la vente ou de la fin de l'exécution de la prestation.
- Détail des prestations : Désignation précise, quantité, prix unitaire hors taxes et total. Un intitulé « prestation de service » seul est insuffisant.
- TVA ou franchise en base : Taux et montant de TVA, ou la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » tant que vous relevez de la franchise.
- Conditions de règlement : Date d'échéance, taux des pénalités de retard et indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement entre professionnels.
- Assurance et ordre professionnel : Pour les activités réglementées ou artisanales soumises à garantie décennale : assureur, numéro de contrat et couverture géographique.
Numérotation, devis et rectification : les trois erreurs les plus fréquentes
La numérotation ne se rattrape pas en fin d'année
Le fichier Excel renommé chaque trimestre produit presque toujours le même incident : deux factures portant le même numéro, ou un numéro sauté après une facture annulée. La règle est simple — la séquence est continue et sans trou. Si une facture est erronée, on ne la supprime pas : on émet un avoir qui référence la facture d'origine, puis une nouvelle facture.
Le devis n'est pas une facture
Le devis engage sur un prix, la facture constate la créance. Un devis signé, daté et portant la mention « bon pour accord » est votre meilleure protection en cas de litige : il fixe le périmètre, le prix et le délai. Un devis accepté par simple e-mail reste opposable, mais la signature électronique horodatée est bien plus confortable à produire devant un tribunal de commerce.
L'acompte se facture aussi
Un acompte encaissé donne lieu à une facture d'acompte, déduite ensuite de la facture de solde. C'est la seule façon propre de sécuriser une prestation longue sans avancer sa trésorerie — et cela protège aussi le client, qui dispose d'un justificatif comptable.
Franchise en base de TVA : ce qui change quand vous dépassez le seuil
En micro-entreprise, tant que vous relevez de la franchise en base, vous facturez hors taxes et portez la mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI ». Vous ne collectez pas de TVA, mais vous ne la déduisez pas non plus sur vos achats.
Le jour où le seuil est dépassé, la TVA devient exigible et la facturation change immédiatement : taux applicable, montant de TVA par ligne, total TTC, et déclarations périodiques. Les seuils et leur date d'entrée en vigueur ont été modifiés à plusieurs reprises ces dernières années : vérifiez toujours le chiffre en vigueur sur le site des impôts ou auprès de votre expert-comptable avant de changer vos modèles.
Concrètement, un logiciel de facturation utile doit permettre de basculer d'un régime à l'autre sans réécrire l'historique : les anciennes factures restent en franchise, les nouvelles portent la TVA, et les deux cohabitent dans le même journal.
Facturation électronique : ce que l'auto-entrepreneur doit anticiper
La réforme française impose progressivement, pour les échanges entre entreprises établies en France, l'émission et la réception de factures au format structuré via une plateforme agréée, ainsi que la transmission de données à l'administration. La réception concerne toutes les entreprises dès la première échéance, y compris les micro-entreprises ; l'obligation d'émission suit selon la taille de l'entreprise.
Deux conséquences pratiques pour un indépendant : d'une part, le PDF envoyé en pièce jointe ne suffira plus dans les échanges B2B concernés ; d'autre part, il faudra être raccordé à une plateforme capable de recevoir puis d'émettre le format structuré (Factur-X, UBL ou CII).
Le calendrier a déjà été décalé une fois. Plutôt que d'attendre la date exacte, la bonne stratégie est de quitter dès maintenant le tableur : une base de factures propre, numérotée et exportable se migre en une journée, un dossier de PDF éparpillés, non.
Comment choisir son logiciel de facturation auto-entrepreneur
La plupart des comparatifs se limitent au prix mensuel. C'est le mauvais critère : ce qui coûte cher, c'est de changer d'outil au bout de dix-huit mois parce que l'export est bloqué ou que la numérotation est ingérable.
La checklist avant de s'abonner
- Numérotation automatique, continue, par série, sans possibilité de créer un trou dans la séquence.
- Avoirs liés à la facture d'origine, plutôt qu'une suppression pure et simple.
- Mentions légales paramétrables : mention EI, franchise en base, pénalités de retard, indemnité de 40 €.
- Devis convertible en facture en un clic, avec signature électronique horodatée.
- Suivi des échéances et relances d'impayés automatiques, avec historique des envois.
- Export intégral PDF et CSV de tout l'historique, sans surcoût et sans engagement.
- Trajectoire annoncée pour la facturation électronique, avec des dates publiées.
- Ce qui reste accessible si vous arrêtez de payer : lecture seule et export, au minimum.
Les signaux d'alerte
- Export réservé au plan supérieur, ou impossible après résiliation.
- Bouton « supprimer la facture » sans avoir associé.
- Modèles Word vendus comme un « logiciel de facturation ».
- Promesse de conformité à la facture électronique sans aucune date.
Logiciel gratuit, tableur ou outil payant : que choisir vraiment
- Le tableur : Gratuit et immédiat, mais aucune garantie sur la numérotation, aucune relance, aucun historique opposable. Acceptable pour trois factures par an, dangereux au-delà.
- Le générateur de facture en ligne gratuit : Pratique pour dépanner, mais vos données ne sont pas conservées et vous recommencez la saisie client à chaque fois.
- Le logiciel comptable complet : Adapté si vous gérez vous-même vos déclarations, souvent surdimensionné et coûteux pour une activité de prestation de services seule.
- L'outil commercial intégré : Le devis, la signature, la facture et la relance dans le même flux. C'est le positionnement de Propuls : gagner la mission, puis se faire payer, sans ressaisir trois fois les mêmes informations.
Se faire payer : relances, pénalités et délais
Entre professionnels, le délai de paiement est plafonné par la loi et l'indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement est due de plein droit dès le premier jour de retard, sans qu'il soit nécessaire de la réclamer explicitement. Encore faut-il que la mention figure sur la facture — d'où l'importance des modèles.
La séquence qui fonctionne tient en quatre temps : relance de courtoisie à échéance, relance ferme à sept jours avec rappel des pénalités, mise en demeure par lettre recommandée à trente jours, puis injonction de payer. La plupart des impayés se règlent au deuxième niveau, à condition que la relance parte à l'heure — c'est précisément ce qu'un outil automatise et qu'un tableur ne fera jamais.
Ce que couvre Propuls pour un auto-entrepreneur
Propuls est un assistant commercial pour indépendants : il suit le prospect, rédige l'offre avec l'IA, fait signer le devis et facture la mission. Il ne remplace ni votre expert-comptable ni un logiciel de comptabilité générale.
Côté facturation, vous disposez d'une numérotation continue par série, de modèles avec les mentions obligatoires françaises (EI, franchise en base, pénalités de retard, indemnité de 40 €), du suivi payée / en attente / en retard, des relances automatiques et de l'export intégral en PDF et CSV pour votre comptable. La signature électronique du devis est incluse à partir du plan Business.
Chaque évolution liée à la facturation électronique est publiée avec sa date dans le changelog, plutôt qu'annoncée comme une promesse floue.
Facture auto-entrepreneur : questions fréquentes
- Un auto-entrepreneur est-il obligé d'utiliser un logiciel de facturation ?
- Aucun texte n'impose aujourd'hui un logiciel précis à un auto-entrepreneur non assujetti à la TVA : une facture conforme peut être établie autrement. En revanche, la réforme de la facturation électronique impose d'être raccordé à une plateforme pour recevoir puis émettre des factures structurées entre entreprises, ce qu'un tableur ne permet pas. En pratique, l'outil devient donc indispensable.
- Quelles mentions doivent figurer sur une facture d'auto-entrepreneur ?
- Identité complète avec la mention « EI », numéro SIREN ou SIRET, coordonnées du client, numéro de facture unique et chronologique, date d'émission et date d'exécution, détail des prestations avec prix unitaire, mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI » en franchise en base, conditions de règlement, pénalités de retard et indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement.
- Peut-on facturer en auto-entrepreneur avec Word ou Excel ?
- C'est encore possible pour un volume très faible, mais risqué : rien ne garantit la continuité de la numérotation, aucune trace des envois, aucune relance, et un historique difficile à produire en cas de contrôle. Surtout, ces formats ne répondront pas aux exigences de la facturation électronique entre entreprises.
- Comment corriger une facture déjà envoyée ?
- On ne modifie ni ne supprime une facture émise. Il faut établir une facture d'avoir qui référence explicitement la facture d'origine et son motif, puis émettre une nouvelle facture correcte. Un logiciel qui propose de « supprimer » une facture vous expose inutilement.
- Quel est le meilleur logiciel de facturation gratuit pour un auto-entrepreneur ?
- Les offres gratuites conviennent tant que le volume reste faible et que l'export de l'historique est garanti. Vérifiez trois points avant de vous engager : l'export PDF et CSV complet sans surcoût, la numérotation automatique sans trou, et ce que vous conservez si vous arrêtez de payer. Propuls propose un plan gratuit destiné à démarrer, puis des plans payants à partir de 9,99 € par mois.
- Combien de temps faut-il conserver ses factures ?
- Les pièces comptables se conservent dix ans à compter de la clôture de l'exercice. Cela vaut aussi pour les factures émises depuis un outil en ligne : assurez-vous de pouvoir exporter l'intégralité de l'historique, y compris après la fin de votre abonnement.
- Comment fonctionne la facturation quand on dépasse le seuil de franchise de TVA ?
- Dès que la TVA devient exigible, vos factures doivent mentionner le taux et le montant de TVA par ligne ainsi que le total TTC, et la mention 293 B disparaît. Les factures antérieures restent inchangées. Vérifiez le seuil en vigueur auprès de l'administration fiscale : il a été modifié plusieurs fois.
- Un devis signé électroniquement a-t-il la même valeur qu'une signature manuscrite ?
- Oui, dès lors que le procédé permet d'identifier le signataire et de garantir l'intégrité du document. Un devis signé électroniquement, horodaté et conservé avec sa piste d'audit est en pratique plus facile à produire en cas de litige qu'un scan de signature manuscrite.
Sources officielles
- Mentions obligatoires d'une facture — entreprendre.service-public.fr
- Facturation électronique entre entreprises — impots.gouv.fr
- Franchise en base de TVA — entreprendre.service-public.fr
- Délais de paiement et pénalités de retard — economie.gouv.fr
Ce guide est informatif et ne remplace pas l'avis de votre expert-comptable. Les seuils de TVA et le calendrier de la facturation électronique ont été modifiés à plusieurs reprises : vérifiez toujours la date applicable à votre situation sur impots.gouv.fr.